//#include "stdafx.h"
//#include "rw7.h"
//
//using namespace std;
//
////User Input
//int X, Y, N_RW;
//int MAX_DISTANCE, PARTICLES, THRESHOLD;
//double PIXEL_SIZE;
//double increment;
//
//
////Global Variables
//int particle;
//int escapeFlag;
//int deadPoreFlag;
//int enteredFiberFlag;
//int DATA_POINTS;
//int seedValue;
//
////debug
//int counter = 0;
//
//unsigned char* ds_RW;
//double *dist;//dist[1100];
//double *dispx2, *dispy2, *dispz2;//dispx2[1100], dispy2[1100], dispz2[1100];
//
//double xo, yo, zo, x, y, z, xf, yf, zf;
//double r;
//double lambda;
//double distance;
//
//FILE *foutDDx2, *foutDDy2, *foutDDz2, *foutSeedValue;
//
///*--------------------------- RANDOM WALK ---------------------------*/
//int random_walk (char* raw_input, int x, int y, int n, int T, double pixel,
// int mDist, int inc, int part, int invert)
//{
// X = x; Y = y; N_RW = n; PIXEL_SIZE = pixel; MAX_DISTANCE = mDist; increment = inc;
// PARTICLES = part;
// int i;
// //debug
// //int j, k;
// //FILE* debug;
// //debug = fopen("DEBUG.txt","w");
//
// char inputSlice[512], outputSlice[512];
//
// foutDDx2 = fopen("DDx2","w");
// foutDDy2 = fopen("DDy2","w");
// foutDDz2 = fopen("DDz2","w");
//
// foutSeedValue = fopen("SeedValue.txt","w");
// if(foutSeedValue == NULL){
// printf("Error Opening SeedValue.txt\n");
// exit(1);
// }
// seedValue = time(0)%10000;
// fprintf(foutSeedValue, "Seed Value : %d\n", seedValue);
// fclose (foutSeedValue);
//
// srand (seedValue);
//
// for ( i = 0; i < N_RW; i++)
// {
// //cout << endl << "Reading Slice: " << i;
// sprintf( inputSlice, "%s%d", raw_input, (i+1));
// sprintf( outputSlice,"bin_%d", i);
//
// /* TO DO: CHECK LEI'S BINARIZE FUNCTION */
// //debug
// //binarize_rw(inputSlice, outputSlice, T, invert);//binarize(inputSlice,outputSlice,T,invert);
// }
//
// ds_RW = (unsigned char*)malloc(sizeof(unsigned char)*N_RW*Y*((int)ceil((double)X/8)));
// if(!ds_RW)
// {
// write_to_log("Out of memory: ds_RW");
// return 1;
// }
//
// // readSlices ( );
// calculateLambda ( );
//
// for (particle=1; particle <= PARTICLES; particle++)
// simulation ( );
//
//
// fclose(foutDDx2);
// fclose(foutDDy2);
// fclose(foutDDz2);
// //free(ds_RW);
// finalResults();
// free(ds_RW);
//
// return 0;
//}
//
///*--------------------- RANDOM WALK SIMULATION ---------------------*/
//int simulation ( )
//{
// double dataCollectionPoint;
//
// ::distance = 0;
// escapeFlag = 0;
// deadPoreFlag = 0;
// enteredFiberFlag = 0;
// DATA_POINTS = 0;
// dataCollectionPoint = increment;
// printf("\n\nPARTICLE : %d\n\n", particle);
//
// //allocate the memory needed for distance and displacement arrays
// dist = (double*)malloc(sizeof(double)*((int)ceil(MAX_DISTANCE/increment)));
// if(!dist)
// {
// write_to_log("RW: Out of memory: dist");
// return 1;
// }
// dispx2 = (double*)malloc(sizeof(double)*((int)ceil(MAX_DISTANCE/increment)));
// if(!dispx2)
// {
// write_to_log("Out of memory: dispx2");
// return 1;
// }
// dispy2 = (double*)malloc(sizeof(double)*((int)ceil(MAX_DISTANCE/increment)));
// if(!dispy2)
// {
// write_to_log("Out of memory: dispy2");
// return 1;
// }
// dispz2 = (double*)malloc(sizeof(double)*((int)ceil(MAX_DISTANCE/increment)));
// if(!dispz2)
// {
// write_to_log("Out of memory: dispz2");
// return 1;
// }
//
// searchStartingPoint ( );
//
// while (10)
// {
// findNearestFiber ( );
// jump ( );
//
// if (escapeFlag == 1)
// break;
// else if (enteredFiberFlag == 1)
// break;
// else
// calculateDistance ( );
//
// if (::distance >= dataCollectionPoint)
// {
// //debug
// //printf("New data Collection Point Reached = %f\n", distance); fflush(stdout);
//
// dataCollectionPoint = dataCollectionPoint + increment;
//
// (*(dist + DATA_POINTS)) = ::distance;
//
// (*(dispx2 + DATA_POINTS)) = PIXEL_SIZE*PIXEL_SIZE*(x-xo)*(x-xo);
// (*(dispy2 + DATA_POINTS)) = PIXEL_SIZE*PIXEL_SIZE*(y-yo)*(y-yo);
// (*(dispz2 + DATA_POINTS)) = PIXEL_SIZE*PIXEL_SIZE*(z-zo)*(z-zo);
//
// DATA_POINTS++;
// }
// if (deadPoreFlag == 1)
// break;
// }
//
// simulationResults ( );
//
// free(dist);
// free(dispx2); free(dispy2); free(dispz2);
//
// return 0;
//}
//
///*---------------------- EXECUTES THE JUMP ----------------------*/
//
//void jump ( )
//{
// double alpha, beta, gamma, mod, sign;
// double dx, dy, dz;
//
// do
// {
// alpha = randomNoRW(1); sign = randomNoRW(1); if (sign < 0.5) alpha = (-1)*alpha;
// beta = randomNoRW(1); sign = randomNoRW(1); if (sign < 0.5) beta = (-1)*beta ;
// gamma = randomNoRW(1); sign = randomNoRW(1); if (sign < 0.5) gamma = (-1)*gamma;
// mod = sqrt(alpha*alpha + beta*beta + gamma*gamma);
//
// } while (mod == 0 || mod > 1);
//
// dx = r*(alpha/mod);
// dy = r*(beta/mod);
// dz = r*(gamma/mod);
//
// x = x + dx; y = y + dy; z = z + dz;
//
// if (x < 0 || x > (X-1) || y < 0 || y > (Y-1) || z < 0 || z > (N_RW-1))
// {
// escapeFlag = 1;
// xf = x - dx; yf = y - dy; zf = z - dz;
// return;
// }
// else if ( getSpot((int)z, (int)y, (int)x) == false)//(ds_RW[(int)z][(int)y][(int)x] == 0)
// return;
// else
// searchIntersection (dx, dy, dz);
//}
//
///*-------------- LOCATES THE POINT OF INTERSECTION ---------------*/
//void searchIntersection (double dx, double dy, double dz)
//{
// int xt, yt, zt;
// double xi, yi, zi;
// double x1, y1, z1, x2, y2, z2;
// double xm, ym, zm;
// double d;
// double m;
//
// int used3DFlag, error3D;
//
//
// x1 = x - dx; y1 = y - dy; z1 = z - dz;
// x2 = x; y2 = y; z2 = z;
// xi = x1; yi = y1; zi = z1;
//
//
// used3DFlag = 0;
// error3D = 0;
// //StartOf3DMethod:
// if ((int)x2 == (int)x1 - 1 && (int)y2 == (int)y1 && (int)z2 == (int)z1)
// {
// x = (int)x1;
// m = (x - x1)/(x2 - x1);
// y = y1 + m*(y2 - y1);
// z = z1 + m*(z2 - z1);
// used3DFlag = 1;
// goto EndOf3DMethod;
// }
//
// if ((int)x2 == (int)x1 + 1 && (int)y2 == (int)y1 && (int)z2 == (int)z1)
// {
// x = (int)x2 - FLT_EPSILON ;
// m = (x - x1)/(x2 - x1);
// y = y1 + m*(y2 - y1);
// z = z1 + m*(z2 - z1);
// used3DFlag = 1;
// goto EndOf3DMethod;
// }
//
// if ((int)x2 == (int)x1 && (int)y2 == (int)y1 - 1 && (int)z2 == (int)z1)
// {
// y = (int)y1;
// m = (y - y1)/(y2 - y1);
// x = x1 + m*(x2 - x1);
// z = z1 + m*(z2 - z1);
//
// used3DFlag = 1;
//
// goto EndOf3DMethod;
// }
//
// if ((int)x2 == (int)x1 && (int)y2 == (int)y1 + 1 && (int)z2 == (int)z1)
// {
// y = (int)y2 - FLT_EPSILON;
// m = (y - y1)/(y2 - y1);
// x = x1 + m*(x2 - x1);
// z = z1 + m*(z2 - z1);
// used3DFlag = 1;
//
// goto EndOf3DMethod;
// }
//
// if ((int)x2 == (int)x1 && (int)y2 == (int)y1 && (int)z2 == (int)z1 - 1)
// {
// z = (int)z1;
// m = (z - z1)/(z2 - z1);
// x = x1 + m*(x2 - x1);
// y = y1 + m*(y2 - y1);
//
// used3DFlag = 1;
//
// goto EndOf3DMethod;}
//
// if ((int)x2 == (int)x1 && (int)y2 == (int)y1 && (int)z2 == (int)z1 + 1)
// {
// z = (int)z2 - FLT_EPSILON;
// m = (z - z1)/(z2 - z1);
// x = x1 + m*(x2 - x1);
// y = y1 + m*(y2 - y1);
//
// used3DFlag = 1;
// }
//
// EndOf3DMethod:
//
// if (used3DFlag == 1)
// {
//
// if (x < 0 || x > (X-1) || y < 0 || y > (Y-1) || z < 0 || z > (N_RW-1))
// error3D++;
// else if ( getSpot((int)z, (int)y, (int)x) == true)//(ds_RW[(int)z][(int)y][(int)x] == 255)
// error3D++;
// else if (x2 >= x1 && (x > x2 || x < x1))
// error3D++;
// else if (x1 >= x2 && (x > x1 || x < x2))
// error3D++;
// else if (y2 >= y1 && (y > y2 || y < y1))
// error3D++;
// else if (y1 >= y2 && (y > y1 || y < y2))
// error3D++;
// else if (z2 >= z1 && (z > z2 || z < z1))
// error3D++;
// else if (z1 >= z2 && (z > z1 || z < z2))
// error3D++;
// else
// goto EndOfBisectionMethod;
// }
//
// //BisectionMethod:
//
// do
// {
// xm = (x1 + x2)/2; ym = (y1 + y2)/2; zm = (z1 + z2)/2;
// xt = (int)xm; yt = (int)ym; zt = (int)zm;
//
// if (xt < 0 || xt > (X-1) || yt < 0 || yt > (Y-1) || zt < 0 || zt > (N_RW-1))
// {
// escapeFlag = 1;
// xf = x1; yf = y1; zf = z1;
// break;
// }
// else if ( getSpot(zt, yt, xt) == false)//(ds_RW[zt][yt][xt] == 0)
// {
// x1 = xm; y1 = ym; z1 = zm;
// }
// else
// {
// x2 = xm; y2 = ym; z2 = zm;
// }
//
// d = sqrt((x2-x1)*(x2-x1) + (y2-y1)*(y2-y1) + (z2-z1)*(z2-z1));
//
// } while (d > 0.0001);
//
// x = x1; y = y1; z = z1;
//
// if ( getSpot((int)z, (int)y, (int)x) == true)//(ds_RW[(int)z][(int)y][(int)x] == 255)
// {
// enteredFiberFlag = 1;
//
// return;
// }
//
// EndOfBisectionMethod:
// r = sqrt((x-xi)*(x-xi) + (y-yi)*(y-yi) + (z-zi)*(z-zi));
//}
//
///*--------------- CALCULATES THE VALUE OF LAMBDA ----------------------*/
//
//void calculateLambda ( )
//{
// double sigma;
// double kB;
// sigma = 2.551*pow(10,-10);
// kB = 1.3806*pow(10,-23);
// lambda = kB*298/(1.013*pow(10,5));
// lambda = lambda/(1.414*3.14*sigma*sigma);
// lambda = lambda*pow(10,6);
// printf("\n\nLambda : %f\n\n", lambda);
//
// lambda = lambda/PIXEL_SIZE;
//}
//
///*---------------------- CREATES DISTANCE MAP -------------------------*/
//
////no longer created, distance is calculated on the fly
//
///*------------------- CALCULATES THE STARTING POINT -----------------------*/
//
//void searchStartingPoint ( )
//{
// while (10)
// {
// x = (int)(X/4) + (int)(randomNoRW(X/2));
// y = (int)(Y/4) + (int)(randomNoRW(Y/2));
// z = (int)(N_RW/2);
//
// if ( getSpot((int)z, (int)y, (int)x) == false) //(ds_RW[(int)z][(int)y][(int)x]==0)
// break;
// }
//
// x = x + 0.5; y = y + 0.5; z = z + 0.5;
// xo = x; yo = y; zo = z;
//}
//
///*---------------- GENERATES THE RANDOM NUMBER -----------------*/
//
//double randomNoRW(double k)
//{
// return((double)rand()*k/((double)RAND_MAX));
//}
//
///*---------------------- LOCATES THE NEAREST FIBER -------------------------*/
//
//void findNearestFiber ( )
//
//{
// int offset;
// int nearestFlag;
// double r1, r2, r3, r4, r5, r6;// temp2;// dist;
//
//
// offset = 1;
// nearestFlag = 0;
//
// r = 0;
// r1 = r2 = r3 = r4 = r5 = r6 = 0;
//
// while (10)
// {
// if ((int)y-offset >= 0)
// {
// if ( getSpot((int)z, ((int)y-offset), (int)x) == true )//(ds_RW[(int)z][(int)y-offset][(int)x]==255)
// {
// r1 = y - (int)y + offset - 1;
// nearestFlag = 1;
// }
// }
//
// if ((int)x-offset >= 0)
// {
// if ( getSpot((int)z, (int)y, ((int)x-offset) ) == true )//(ds_RW[(int)z][(int)y][(int)x-offset]==255)
// {
// r2 = x - (int)x + offset - 1;
// nearestFlag = 1;
// }
// }
//
// if ((int)x+offset <= X-1)
// {
// if ( getSpot((int)z, (int)y, ((int)x+offset) ) == true )//(ds_RW[(int)z][(int)y][(int)x+offset]==255)
// {
// r3 = (int)x + 1 - x + offset - 1;
// nearestFlag = 1;
// }
// }
//
// if ((int)y+offset <= Y-1)
// {
// if ( getSpot((int)z, ((int)y+offset), (int)x) == true )//(ds_RW[(int)z][(int)y+offset][(int)x]==255)
// {
// r4 = (int)y + 1 - y + offset - 1;
// nearestFlag = 1;
// }
// }
//
// if ((int)z-offset >= 0)
// {
// if ( getSpot( ((int)z-offset), (int)y, (int)x) == true )//(ds_RW[(int)z-offset][(int)y][(int)x]==255)
// {
// r5 = z - (int)z + offset - 1;
// nearestFlag = 1;
// }
// }
//
// if ((int)z+offset <= N_RW-1)
// {
// if ( getSpot( ((int)z+offset), (int)y, (int)x) == true )//(ds_RW[(int)z+offset][(int)y][(int)x]==255)
// {
// r6 = (int)z + 1 - z + offset - 1;
// nearestFlag = 1;
// }
// }
//
// if (nearestFlag == 1)
// break;
// else
// offset++;
//
// }// end of while(10)
//
//
// if (r1>r) r = r1;
// if (r2>r) r = r2;
// if (r3>r) r = r3;
// if (r4>r) r = r4;
// if (r5>r) r = r5;
// if (r6>r) r = r6;
//
//
// if (r < 5*lambda)
// r = lambda;
//}
///*------------ CALCULATES THE ACTUAL DISTANCE COVERED ----------*/
//
//void calculateDistance ( )
//{
// if (r>lambda)
// ::distance = ::distance + (pow((PIXEL_SIZE*r),2))/(2*PIXEL_SIZE*lambda);
// else
// ::distance = ::distance + PIXEL_SIZE*r;
//
// if ((int)::distance > MAX_DISTANCE)
// deadPoreFlag = 1;
//}
//
///*------------------ PRINTS SIMULATION RESULTS ----------------------*/
//void simulationResults ( )
//{
// int i;
//
// if (deadPoreFlag == 1)
// {
// particle = particle - 1;
// printf("\nDEAD PORE FOUND\n");
// }
// else if (enteredFiberFlag == 1)
// {
// particle = particle - 1;
// printf("\nENTERED INTO FIBER\n");
// }
// else
// {
// for (i=0; i < DATA_POINTS; i++)
// {
// fprintf( foutDDx2 ,"%f \t %f\n", (*(dist + i)), (*(dispx2 + i)));
// fprintf( foutDDy2 ,"%f \t %f\n", (*(dist + i)), (*(dispy2 + i)));
// fprintf( foutDDz2 ,"%f \t %f\n", (*(dist + i)), (*(dispz2 + i)));
// }
// }
//}
//
//
//
//void finalResults()
//{
//
//
//
//
//}